簡単なことなのに毎回ググってる気がする。addPropertyでエフェクトのmatchNameを入れてあげれば良い。matchNameはスクリプトで洗い出す。
例えばスライダー制御ならこんな感じ。
var slider = layer.effect.addProperty("ADBE Slider Control")
addPropertyするとプロパティオブジェクトが返ってくるから、それを操作して名前を変えたり値を変えたりしていく。